Estrarre il centro di un vaso sanguigno in Python: nasce vessel-centerline
Nel contesto dell’imaging medicale, uno dei problemi più comuni è l’analisi di strutture tubulari, come i vasi sanguigni, all’interno di immagini volumetriche (CT, MR, ecc). In particolare, in molti casi è utile ottenere una rappresentazione del centro geometrico del vaso, detta centerline, per analizzarne forma, orientamento, e integrarla in pipeline di visualizzazione o misurazione.
Da questa esigenza nasce vessel-centerline, un pacchetto Python open source sviluppato da D/Vision Lab, ora disponibile su PyPI:
Cosa fa vessel-centerline
Il pacchetto consente di:
Estrarre la centerline da una maschera binaria 3D (es. segmentazione di un vaso)
Applicare algoritmi di thinning e pruning per ottenere una linea centrale semplice e continua
Esportare il risultato come lista di punti 3D, curve o polilinee, utilizzabili in analisi successive
Visualizzare il risultato tramite librerie standard (Matplotlib, PyVista)
Il tutto con un’interfaccia semplice e documentata, adatta anche a chi vuole integrarlo in progetti più ampi di analisi o visualizzazione medicale.
Perché lo abbiamo sviluppato
Molti strumenti di image processing generalisti permettono di manipolare immagini 3D, ma pochi sono pensati specificamente per l’analisi morfologica di vasi, dove servono algoritmi robusti per ricostruire centerline affidabili anche in presenza di rumore, biforcazioni o segmentazioni imperfette.
Il nostro obiettivo era avere:
Un tool leggero e open-source, installabile via
pipFacile da usare, anche in ambienti Jupyter o pipeline automatizzate
Che restituisse risultati coerenti e ripetibili, anche su strutture complesse
Applicazioni
vessel-centerline può essere utilizzato in:
Analisi della morfologia vascolare (diametro, tortuosità, lunghezza)
Visualizzazioni interattive di vasi e anatomie 3D
Estrazione di traiettorie o punti di riferimento per la navigazione intra-operatoria
Supporto a modelli AI basati su geometrie semplificate
Contribuisci o provalo
Il pacchetto è open source e disponibile su GitHub: puoi provarlo, aprire issue, suggerire funzionalità o contribuire direttamente con PR.
La documentazione è disponibile su PyPI, insieme a un esempio minimale per iniziare subito.
👉 https://pypi.org/project/vessel-centerline/
D/Vision Lab sviluppa strumenti software per l’analisi e la visualizzazione di dati complessi, con particolare esperienza nel medical imaging e nella gestione di immagini DICOM. vessel-centerline è parte di un ecosistema di tool e librerie che mettiamo a disposizione della community per rendere l’innovazione più accessibile e concreta.
